Településünket ezen a néven az 1332-37-es pápai tizedjegyzékben említik először, a leletek tanúsága szerint azonban valószínűleg már a 11. században kialakult a középkori település. A szívesebben hivatkozott, Szászd monostor eredetileg 1067-ben keletkezett, de IV. Béla által 1267-ben átíratott alapítólevele a Szatmár megyében, Vencsellő mellett lévő egykori Ebes halászóhelyről szól. A váradi regestrum 1217-es „villa Ebey” említése pedig a Nagyszalontától északra elhelyezkedő egykori Ebejre vonatkozik – ezeket valószínűleg hibásan vonatkoztatják településünkre.
A név jelentését illetőleg több lehetséges magyarázat van. „Ebes” jelenthet nádas, vizes, zsombékos területet, ami a természetföldrajzi környezetből adódó névadás lehet. A leggyakoribb névadási mód azonban a személynevek településre való adaptálása volt ebben a korban – a dömösi prépostság alapítólevelében (1138) “Ebus” személynévvel találkozhatunk. A legkevésbé valószínű jelentés a legelterjedtebb: a „királyi kutyatenyésztők lakhelye” jelentésre semmilyen forrás nem utal, bár a debreceni helytörténészek (pl. Zoltai Lajos) gyakran emlegették.
A nagyváradi egyházmegye (forrással meg nem erősített) sematizmusa szerint 1216-ban Debrecen hitközség leányegyháza volt Ebes. Azonban pápai tizedjegyzékből kiderül, hogy Ebes az egri püspökség borsavai főesperessége alá tartozott – Debrecentől tehát közigazgatásilag (Szabolcs vármegye) és egyházi körzetét tekintve is független volt. A falu első temploma a mai településtől délkelet felé, az Ágod és a Zsong patakok által körülvett kis dombon helyezkedett el. Az épületet az Árpád-házi királyok törvényei nyomán emelték a XII. század folyamán, és Szent Miklós tiszteletére szentelték fel. Legkorábbi írásos említése az 1332-es pápai tizedjegyzékből ismert: P. (Petrus vagy Paulus) nevű papja 10 garas pápai tizedet fizetett. Pusztulása 1572-1581 közé tehető; ekkor már csak a falu 1 lakott és 4 elhagyott jobbágytelkét említik, s templomát már nem.
A templom mentő feltárását 1988-ban végezte el M. Nepper Ibolya, a debreceni Déri Múzeum régésze. A feltárás nyomán egy egyhajós, négyszögletes szentélyzáródású templom alapjai kerültek napvilágra, melynek három periódusát lehetett elkülöníteni. Az első, a XII. század folyamán épült teljes hossza 11 m, belső hossza 9 m, hajójának teljes szélessége 8 m, belső szélessége 6 m. A román kori templomot a XIII. század első évtizedeiben bővítették egy újabb szentéllyel és megerősítették 8 támpillérrel, ezáltal a hajó teljes hossza 15 m lett. Ezután a XIII. század végén egy északi sekrestyét építettek hozzá, és dél felé is meghosszabbították. Így a templom teljes hossza 18,5 m lett.
A templomdombot és környékét 2003 novemberében a nemzeti kulturális örökség minisztere fokozottan védett régészeti lelőhellyé nyilvánította.
Az ebesi Szent Miklós templom digitális tömegrekonstrukciója, Rácz Zoltán terve
A középkori Ebes helyét nem mondhatjuk meg teljes bizonyossággal. A templom nem lehetett különösebben messze a falutól, hiszen nem csupán szakrális hely volt, hanem védő funkciót is betöltött időnként, ezért is rombolták le a későbbiek során – ebből adódóan a Templomdomb környékén kellene keresnünk. A Templomdomb és környéke ma is szántott terület, a tavaszi és őszi szántások alkalmával mindig sok Árpád-kori kerámiatöredék kerül elő; késő középkori azonban alig. A Zsong-völgyi Árpád-kori lelőhely pedig csupán részben feltárt, teljes kiterjedését nem ismerjük; a Vérvölgyben végzett feltárás is napvilágra hozott Árpád-kori objektumokat. További kutatások szükségesek még, hogy eldönthessük, hol lakhattak a templom körüli temetőben nyugvó hajdani ebesiek.
A középkori faluról a forrásokból csupán keveset tudunk meg. A 14-15. században Ebes a Debreceni család tulajdona, a 15. században a Szepesi család birtokai között felsorolják Ebest és Szepest. A 15. század első felében a Szepesiek révén a Pércsy családnak részeik voltak Ebesen és Szepesen. 1490-től 1507-ig volt a Hunyadiak birtoka Debrecen uradalmi tartozékaival. 1535-ig a Szapolyai család birtokolta a debreceni uradalmat. Ekkor Szapolyai János az enyinghi Török családnak adományozta az uradalmat. Török János halála után 1562-től Debrecen a környék valamennyi jelentékeny pusztáját, birtokát megszerezte.
A 16. századból vannak adataink Ebes lakosságára vonatkozóan:1572-ben még 61 portát írtak össze és 18 adómentes személyt; 1581-ben viszont már csak a falu 1 lakott és 4 elhagyott jobbágytelkét említik, és a templomot nem. A 15 éves háború során Debrecen lakosságának is menekülnie kellett. A középkori Ebes – számos Szabolcs és Bihar megyei faluval együtt – 1594. július 18-án pusztult el, mikor Huszt felől az országra törő krími tatárok mindent felperzseltek.
